Ο αμέθυστος ανευρίσκεται σε όλες τις αποχρώσεις από ανοικτό, ελαφρώς ρόδινο, βιολετί μέχρι σκούρο μοβ στο χρώμα των μαύρων σταφυλιών. Επίσης, μπορεί να υπάρχουν δευτερεύουσες χροιές ερυθρού ή/και κυανού. Ιδανικός θεωρείται ο αμέθυστος της ποικιλίας «Βαθύς σιβηρικός» με κυριότερη 75 - 80 %, τη μοβ χροιά, 15 - 20 % μπλε και μικρές ερυθρωπές χροιές. Τα μεμονωμένα τεμάχια αμέθυστου σπάνια παρουσιάζουν ομοιόμορφο χρωματισμό. Συνήθως έχουν κηλίδες με ανοικτότερο ή σκοτεινότερο χρώμα, ή και με τα δύο, ενώ άλλοτε εμφανίζουν ραβδώσεις με διαφορετικό κορεσμό χρώματος.
Ο αμέθυστος χάνει το χρώμα του όταν θερμανθεί. Συνήθως η εξαφάνιση του χρώματος αρχίζει σε θερμοκρασία 300 °C και ολοκληρώνεται στους 400 °C, οπότε γίνεται άχρωμος. Αν συνεχίσουμε να τον πυρώνουμε, στους 500 °C περίπου παίρνει κίτρινο χρώμα, που χάνεται κι αυτό σε ακόμα υψηλότερη θερμοκρασία. Με επίδραση ραδιενέργειας παρουσιάζεται πάλι κάποιο μενεξεδένιο χρώμα. Την ιδιότητα να χρωματίζεται ο αμέθυστος κίτρινος την εκμεταλλεύονται στην πράξη οι κατασκευαστές κοσμημάτων και αποκαλούν και άλλες κιτρινωπές ποικιλίες χαλαζία που χρησιμοποιούν με τον όρο «κεκαυμένος αμέθυστος». Φλέβες αμέθυστου χάνουν επίσης μερικώς το χρώμα τους όταν είναι εκτεθειμένες στον αέρα. Η σκόνη του αμέθυστου είναι λευκή.